Миссия Национального центра развития высшего образования  заключается в повышении качества высшего образования Казахстана на основе лучших практик, исследований и продвижения академической свободы  вузов.

Поэтому функции обновленного Центра наряду с мониторингом параметров Болонского процесса и признания зарубежных документов об образовании ориентированы на комплексное научно-методологическое, информационно-аналитическое и методическое сопровождение развития системы высшего и послевузовского образования.

Деятельность Центра по сопровождению процесса реализации параметров Болонского процесса получила новый импульс в связи с открытием постоянного Бюро Центрально-Азиатского пространства высшего образования. Бюро ЦАПВО станет ключевым институтом, который будет содействовать выполнению ключевых обязательств Болонского процесса на территории стран Центральной Азии.

Приоритетным направлением работы Центра является проведение фундаментальных и прикладных научных исследований с последующей апробацией и внедрением  результатов в практику высшего образования.

В рамках деятельности Центра реализуются проекты, направленные на развитие высшего образования в регионах – проекты «Мамандығым – Болашағым» и «Центр академического превосходства».

Также одним из ключевых вопросов Центра является развитие академического и управленческого персонала вузов путем организации инновационных обучающих мероприятий по продвижению параметров Болонского процесса,  проведению курсов для ППС и сотрудников вузов по повышению методических и управленческих компетенций.